Con il sistema di ventilazione trasversale i ventilatori sono installati lungo una parete laterale, mentre le prese d’aria vengono installate nella parete opposta. E’ un sistema che ha i suoi migliori benefici nel caso di capannoni avicoli con larghezze notevoli e come sistema di ventilazione invernale alternativo e più economico rispetto alla ventilazione a camino nei climi più freddi. Da diversi anni è stata sostituita dalla ventilazione forzata a tunnel, prevedendo in casi di strutture con importanti larghezze apposite prese aria in testata.